Universitas Jayabaya didirikan pada bulan Oktober 1958 oleh Prof. DR. H. Moeslim Taher, SH. Sewaktu mendirikan Universitas Jayabaya, Prof. Dr. H. Moeslim Taher berusia 24 tahun. Prakarsa ini agaknya merupakan perkembangan lebih lanjut dari pengabdiannya di bidang pendidikan, dengan karir yang dimulainya sejak menjadi pengasuh Sekolah Dasar, dan menjadi Pimpinan Sekolah Menengah Pertama dan kemudian Pimpinan Sekolah Menengah Atas.Pengalaman dalam pengabdian di bidang pendidikan sektor swasta inilah kemudian yang mendorongnya mendirikan Universitas Jayabaya.
Motivasi mendirikan Universitas Jayabaya tidak semata-mata karena adanya pengalaman yang dibarengi rasa pengabdian, akan tetapi adalah karena rasa tanggung jawab untuk memberi jawaban terhadap tantangan yang datang dan dihadapi oleh bangsa Indonesia. Tantangan pendidikan ini berupa masalah ketinggalan dan keterbelakangan di berbagai bidang, sebagai akibat penjajahan Belanda selama kurang lebih tiga setengah abad, disusul dengan pendudukan fasisme Jepang selama kurang lebih tiga setengah tahun. Kurun zaman itu tidak memberi kemungkinan bagi kehidupan perguruan tinggi di Indonesia sebagai sarana untuk memajukan masyarakat dan bangsa. Dapatlah dimengerti, apabila ketika berdirinya Universitas Jayabaya saat Republik Indonesia berusia 13 tahun, Perguruan Tinggi Indonesia masih sedikit, baru terdapat 7 buah dan PTS sebanyak 112 buah.
Perkembangan Program Pendidikan
Pada saat permulaan berdirinya, Universitas Jayabaya mulai dengan mengelola dua buah fakultas, yaitu Fakultas Hukum dan Fakultas Ekonomi dengan jumlah mahasiswa 11 (sebelas) orang. Sebagai Rektor pertama diangkat Prof. Mr. A.A. Hakim sekaligus merangkap sebagai Dekan Fakultas Hukum.
Kemudian pada tahun 1961/1962 Rektor Universitas Jayabaya diserahterimakan kepada Prof. Dr. H. Moeslim Taher, SH. sebagai Rektor yang kedua menjabat dari tahun 1962 sampai dengan 1988. Beliau diganti oleh Prof. Dr. H. Tb. Achjani Atmakusuma sebagai Pejabat Rektor pada tahun 1988, secara resmi menjabat Rektor sejak tahun 1989 sampai dengan tahun 1996.
Kemudian beliau diganti oleh Ir. Syamsu Anwar, MS dari tahun 1996 sampai dengan 2000. Kemudian dari tahun 2000 beliau diganti oleh Prof. Dr. H.R. Taufik Sri Soemantri Martosoewignyo, SH dan pada tahun September 2008 dipimpin oleh Prof. H. Amir Santoso, Phd.
Untuk memperkuat usaha menggali dan mengembangkan sumber-sumber dana demi perkembangan Universitas Jayabaya telah dibentuk Yayasan Jayabaya, yang dikukuhkan dengan Akta Notaris Liem Toeng Kie di Jakarta Nomer 17 tanggal 6 Oktober 1960, kemudian diubah dengan Akta Notaris Muhamad Said Tadjoedin di Jakarta, Nomer 221 tanggal 17 Agustus 1983, dan disalin oleh Notaris Haji Abdul Kadir Usman tanggal 21 Maret 1997. Tercatat sebagai pendiri adalah Moeslim Taher dan Ny. Yuyun Moeslim Taher. Yayasan ini selanjutnya berfungsi melaksanakan pembinaan terhadap Universitas Jayabaya dengan tujuan (peran):
- Membentuk manusia-manusia pembangunan yang berjiwa Pancasila, penuh pengabdian serta memiliki rasa tanggung jawab yang besar terhadap masa depan bangsa dan negara Indonesia.
- Membentuk manusia yang cakap serta bertanggung jawab, baek untuk menjalankan tugas yang memerlukan kualifikasi tinggi maupun untuk mandiri dalam ilmu pengetahuan.
- Membentuk tenaga-tenaga peneliti yang mampu mengembangkan ilmu pengetahuan, teknologi,seni, dan kehidupan masyarakat. Perkembangan usaha Yayasan Jayabaya selanjutnya ditandai oleh pembentukan unit-unit di lingkungan Universitas Jayabaya, yaitu;
a. Pada tahun 1961 didirikan Akademi Kepemimpinan Niaga Jayabaya (AKN), dan sejak tahun akademik 1985/1986 AKN diubah menjadi Akademi Manajemen Perusahaan (AMP) Jayabaya
b. Pada tahun 1962 didirikan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik yang terdiri dari dua jurusan yaitu Jurusan Administrasi Negara dan Jurusan Hubungan Internasional.
c. Pada tahun 1962, didirikan Akademi Ajun Akuntansi Jayabaya, yang merupakan Akademi Akuntansi Swasta pertama di Indonesia. Sejak tahun Akademi 1985/1986 Akademi Ajun Akuntansi Jayabaya (AAJ) mendapat status disamakan dengan Program Diploma Tiga (D III).
d. Pada tahun 1971, didirikan Fakultas Teknik yang mengasuh dua jurusan, yaitu Jurusan Teknik Sipil dan Jurusan Teknik Mesin. Sejak tahun 1987 fakultas Teknik dikembangkan menjadi dua fakultas, yaitu:
- Fakultas Teknologi Industri, membina program S1 dan D3 dengan jurusan yaitu Jurusan Teknik Mesin, Teknik Elektro, dan Teknik Kimia.
- Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan membina 2 (dua) jurusan, yaitu Jurusan Teknik Sipil dan Jurusan Teknik Arsitektur. Pada tahun 1985, didirikan Program Diploma Tiga (D III) Teknologi yang memiliki 2 (dua) jurusan, yaitu Jurusan Teknik Sipil dan Teknik Mesin.
Pada tahun yang sama (1985), diadakan penambahan baru Fakultas Ekonomi yaitu Jurusan Akuntansi disamping Jurusan Manajemen Perusahaan yang telah ada. Kemudian pada tahun 1993, Universitas Jayabaya mengadakan terobosan baru dengan pembentukan Program Pascasarjana dengan 3 (tiga) Program Studi, yaitu Program Studi Magister Manajemen, Program Studi Magister Hukum dan Program Studi Hubungan Internasional. Pada tahun 1996, didirikan Akademi Manajemen Informatika dan Komputer Jayabaya dan pada tahun 2006 berubah menjadi Sekolah Tinggi Manajemen Informatika Komputer. Pada tahun 1999, didirikan Fakultas Ilmu Komunikasi yang terdiri dari 2 (dua) jurusan yaitu, Jurusan Ilmu Jurnalistik dan Jurusan Ilmu Hubungan Masyarakat. Selain itu pula mulai tahun 2003, Fakultas Ilmu Psikologi dan Doktor Ilmu Hukum telah pula dibuka.
Perkembangan Sarana Pendidikan
Pada saat mendirikan, kegiatan pendidikan dan administrasi Universitas Jayabaya dilakukan dengan menumpang tempat pada Sekolah Swasta. Ruangan-ruangan yang pada pagi dan siang harinya dipergunakan oleh SD, SLP dan SLTA Swasta di Jalan Salemba Raya 12 Jakarta Pusat.Oleh sebab itulah kegiatan perkuliahan baru dapat berlangsung pada sore dan malam hari, dari jam 17.00 sampai dengan jam 21.00 WIB. Aliran listrik pada saat itu belum menjangkau bangunan Perguruan Swasta tersebut, sehingga satu-satunya alat penerangan yang digunakan adalah lilin. Beberapa waktu kemudian, keadaan “meningkat” dengan menggunakan penerangan lampu petromak. Keadaan darurat ini berlangsung selama 4 (empat) tahun.
Keadaan unik tersebut di atas harus dilengkapi lagi dengan informasi tentang keadaan kesekretariatan yakni bahwa, selama 3 tahun sejak berdirinya, Universitas Jayabaya menyelenggarakan pendidikan tanpa memiliki ruangan khusus untuk sekretariat. Barulah pada tahun akademik 1961/1962 ruangan SMP “UTAMA” dapat dipakai untuk sekretariat yang dapat digunakan sore hari dengan status menumpang. Pada tahun 1962, sejalan dengan perkembangan Universitas Jayabaya, sebuah ruang sekretariat dibangun di Jalan Salemba Raya 12 Jakarta Pusat, yang menjadi tempat pusat kegiatan Pimpinan Universitas Jayabaya selama 15 tahun.